U drevnoj Japaniji, postojao je stalni rat između dva kata ratnika - samuraja i nindža. Ti u igri Ninja Runner će se boriti na strani Ninjse. Vašem liku je dobio naređenje od šefa naloga za izvođenje izviđanja u jednoj šumi, gde se samurajski odredi mogu sakriti. Vaš junak je hrabro pao u šumu i trčao duž staze. Na putu ga čekaju mnoge opasnosti i zamke. Kontrolišući svoj lik će morati da ga učini da skoči i ne pada u ove zamke. Ako nađete neprijateljske vojnike, morate ih sve uništiti pomoću mača. Samo sakupite razne predmete koji padaju na njegov put.