Planiranje bitaka u Ninja Wars: Battle Simulator pretvara komandovanje vojskom u test vaše taktike i sposobnosti da promijenite formacije odreda na vrijeme prije početka bitke. Morate okupiti ratnike, pokušavajući brzo analizirati neprijateljske snage u svakoj fazi ovog strateškog procesa. Pažljivo pratite lokaciju strijelaca i rasporedite kopljanike na vrijeme kako biste spriječili proboj bokova i brzo porazili neprijateljske snage nindža. Za svaku pobjedu i uspješno osvajanje pozicija u Ninja Wars: Battle Simulatoru, dodjeljuju vam se bodovi za igru. Brza reakcija na neprijateljske manevre i ispravan proračun veličine vojske pomoći će vam da se nosite sa sve većom složenošću bitaka. Vaša sposobnost da vješto koordinirate akcije različitih vrsta trupa bit će ključ vašeg vojnog trijumfa.