Čim štetna bakterija ili virus uđe u tijelo, posebne ćelije počinju da vode nepomirljivu borbu protiv nje. Ako ima više mikroba i ćelije se ne mogu nositi, potrebna im je pomoć izvana. U igri Bacterial Swarm pomoći ćete umjetno stvorenoj ćeliji koja je unesena u živi organizam kako bi mu pomogla da se nosi sa infekcijom. Kontrolišite ćeliju, ona će automatski pucati na sve neprijateljske formacije koje pokušaju da je unište. S vremena na vrijeme morat ćete napraviti izbor nadogradnje u Bacterial Swarm.