U drugom dijelu igre Ninja Hands 2, nastavit ćete pomagati svom nindža ratu u borbi protiv raznih protivnika koji ga žele ubiti. Vaš borac će biti vidljiv na ekranu ispred vas, koji će biti na određenoj lokaciji. Neprijatelj će biti na udaljenosti od njega. U donjem desnom uglu nalazit će se poseban panel sa ikonama. Klikom na njih možete natjerati heroja da izvrši određene radnje. Morat ćete napasti svog protivnika i koristiti svoje borbene vještine da uništite neprijatelja. Za to ćete dobiti bodove u igri Ninja Hands 2.