Ninja je heroj mnogih igrica, au Carrot Ninja-u mnogo liči na običnu šargarepu. Tako je - ovo je nindža od šargarepe i on namerava da stigne do sledeće pagode na svakom nivou. To je svrha heroja. Pomozite mu da spretno skače po platformama, skupljajte novčiće ako je moguće. Dalje na nivoima bit će dodatne prepreke u vidu robotskih ježeva i druge nevolje koje treba preskočiti. U gornjem desnom uglu naći ćete broj života mrkve u obliku zelenih listova. Čim ih potrošite, nivo će se morati ponovo pokrenuti u Carrot Ninja.