U Ben 10: Brains vs Bugs morat ćete pomoći smiješnom zelenom vanzemaljcu da oslobodi svoje otete prijatelje. Ispred vas, vaš lik će biti vidljiv na ekranu, koji će se nalaziti na određenoj lokaciji. Koristeći kontrolne tipke vodit ćete njegove akcije. Vaš junak će morati hodati određenom rutom, savladavajući razne zamke i druge opasnosti. Na putu će skupljati zlatnike i druge korisne predmete koji će vam donijeti bodove u igri Ben 10: Brains vs Bugs i može liku dati razne vrste bonusa. Takođe, vaš lik će se morati boriti sa bubama koje će mu naići na putu.