Ninja je odlučio da protegne noge i trči po gradu skupljajući novčiće. U igri Ninja Runner upoznat ćete heroja i pomoći mu da uredi gradski parkour. Za heroja nema nepremostivih visina, možete kliknuti na tipa nekoliko puta i on će skočiti na bilo koji vrh: platformu, toranj i još jedan vrh. Nakon što ste prošli nivo, možete prijeći na drugi, ali budite oprezni, na novim nivoima će se pojaviti dodatne prepreke u obliku oštrih šiljaka na koje ne morate skakati kako ne biste izgubili životna srca. Sve je više oštrih prepreka, što znači da ćete morati biti vrlo brzi i okretni da spasite nindžu od gubitka života u Ninja Runneru.