U pravcu malog naselja koje se nalazi u Japanu kreće se odred pljačkaša. Oni ipak ubijaju mještane i pljačkaju selo. Hrabri nindža ratnik je ustao da zaštiti lokalno stanovništvo. Vi ćete u igri Phase Ninja pomoći heroju u borbi protiv zlikovaca. Ispred vas na ekranu će biti vidljivo područje u kojem će se vaš lik nalaziti. Neprijateljska jedinica će se kretati u njegovom pravcu. Uz pomoć raznih oružja za bacanje i luka sa strijelama možete uništiti protivnike na daljinu. Kada se neprijatelj približi, izvlačite svoj mač i ulazite u blisku borbu. Udarajući mačem u neprijatelja, uništit ćete ga i za to dobiti bodove. Nakon smrti neprijatelja, moći ćete pokupiti trofeje koji će ispasti iz njih.