Hrabri nindža iz Kjota, po uputstvu šefa svog reda, mora otići u mračne zemlje i tamo pronaći drevne artefakte. Vi u igri Ninja vs Zombies pridružit ćete mu se u ovoj avanturi. Vaš heroj će morati proći kroz mnoge lokacije i savladati razne opasnosti. Horde zombija lutaju lokacijama sa kojima će se vaš heroj morati boriti. Ulazeći u bitku s njima, junak će koristiti različita oružja. Uništavajući žive mrtve zaradit ćete bodove, a možete skupljati i trofeje koji će ispasti iz njih. Uz bodove koje dobijete, možete kupiti razno oružje i municiju za svog lika u prodavnici igrica.