Mario, vodoinstalater kojeg svi volimo, zainteresovao se za ulični sport kao što je parkur. Naš heroj odlučio je da trenira ovaj sport na krovovima gradskih zgrada. Vi u Super Mario City Run-u ćete mu se pridružiti u ovom treningu. Ispred vas na ekranu ćete vidjeti Maria kako stoji na krovu kuće. Pod vašim vodstvom, on će trčati naprijed postepeno povećavajući brzinu. Pažljivo pogledajte ekran. Na putu vašeg heroja bit će promašaja koji razdvajaju krovove zgrada. Kada dotrči do jednog od njih na određenoj udaljenosti, morat ćete ga natjerati da skoči. Tako će vaš heroj preskočiti ovu opasnost. Također, pred Mariom će se pojaviti prepreke. Na nekima od njih će moći da se penje u trci, na drugima, naprotiv, moraće da vozi na leđima ispod dna. Na putu, Mario mora pokupiti razne predmete koji će vam donijeti bodove i mogu dati heroju razne vrste bonusa.