U ratu neprijatelj prvenstveno nastoji da uništi vojne objekte: aerodrome, vojne jedinice, skladišta municije. U Atomic Fighter 2D, vi ćete preuzeti kontrolu nad borbenim avionom kako biste zaštitili nebo iznad vojne baze. Eskadrila neprijateljskih jurišnih aviona i bombardera već joj se približava. Vaš zadatak je održati odbranu i aktivno napadati neprijatelja duž cijelog fronta. Pomjerite lovca lijevo ili desno, odmičući se od granatiranja prema letećim neprijateljskim avionima i napadajte i pucajte sami, uništavajući avione jedan po jedan. Sakupljajte razne bonuse u hodu, oni će vam pomoći da se nosite s ogromnim brojem neprijatelja koji napreduju u Atomic Fighter 2D.