Voda ili bilo koja druga tekućina, slijedeći zakone gravitacije, poteći će dolje ako nađe izlaz za sebe, čak i malu pukotinu. U Water Flow 3D morate je pustiti da slobodno teče kako biste ispunili četvrtaste posude ispod. Broj posuda će varirati, ali morate imati na umu da u njih možete sipati samo tečnost odgovarajuće boje. Da biste to učinili, otvorite poklopce u ispravnom redoslijedu. Ponekad će tečnosti morati da se mešaju, a staklene pregrade će morati da se razbiju teškim kuglicama u Water Flow 3D. Postoji mnogo nivoa i oni su raznoliki u smislu postavljanja zadataka.