Čini se da kraljevstvo gljiva nije toliko veliko, pa ipak, toliko se smeća nakupilo u njemu da više ne stane na posebno određenu deponiju. Kralj je odlučio sve baciti u more, ali Mario se tome potpuno protivi. U Super Mario Transporteru namjerava lično ukloniti sav otpad dalje od svog rodnog mjesta, gdje će biti uništen ili recikliran. Za to je junak pripremio nekoliko vrsta teretnih tankera i drugih brodova. Ali neko mora pomoći heroju da otvori odvodne ventile. Otpad se ne može zbuniti, različitih su boja i mora odgovarati boji kontejnera. Gde ćete ih sipati. Otvorite poklopce i ne miješajte tekućine u Super Mario Transporteru.