Sve se mijenja s vremenom, a i Mario se promijenio. Ako su ranije svi neprijatelji bili poznati, a nije ih bilo toliko, sada su postali skriveni i opasniji. U Super Mario vs Mafia, naš hrabri vodoinstalater morat će se suočiti s velikom mafijaškom grupom. Izvana, to su čvrsti momci u crnim odijelima, ali zapravo su pravi banditi, štoviše, okrutni i nemilosrdni. Pomozite heroju da se nosi sa svim kriminalcima. Vjerovatno ćete po prvi put u rukama heroja vidjeti moćno malokalibarsko oružje. Zalihe municije na svakom nivou mijenjat će se ovisno o situaciji, ali uvijek će biti manje nego što je potrebno. Stoga svaki hitac mora doći do cilja. Jednim metkom, junak može uništiti nekoliko bandita u isto vrijeme ako su na istoj traci ili uz pomoć rikošeta u Super Mario vs Mafia.