Do sada se Mario morao nositi samo sa zlim gljivama, puževima i drugim slugama svog vječnog neprijatelja Bowsera. Ali ovo je samo cvijeće u odnosu na ono što ga čeka u Super Mario Commanderu. Podmukli napad iz svemira neočekivano je izvršen na Mariov svijet. Užasna i opaka stvorenja, naoružana do zuba, nanijela su pustoš u nekada mirnom kraljevstvu. Mario će morati uzeti ozbiljno oružje i igrati ulogu super heroja. A kako bi uspio, pomozite vodoinstalateru da savlada novu ulogu. Potrebno je očistiti platforme svemirskih pirata i vratiti svijet na zemlju u Super Mario Commanderu.
