Hrabri samuraj po imenu Kyoto živi u svijetu piksela. Danas naš junak mora putovati u udaljena područja svoje zemlje i tamo se boriti protiv raznih kriminalaca. U tome ćete mu pomoći u igri Pixel Samurai. Vaši će samuraji biti vidljivi na ekranu ispred vas koji se nalazi u određenom području. Pomoću kontrolnih tipki natjerat ćete ga da trči naprijed. Pažljivo pogledajte ekran. Na putu vašeg junaka pojavit će se razne vrste prepreka i rupa u zemlji. Kada se vaš lik nalazi na određenoj udaljenosti od ovog opasnog područja, morat ćete ga natjerati da skoči. Dakle, vaš će junak letjeti zrakom kroz ovu opasnost i moći će nastaviti svojim putem.