U dalekom neverovatnom svetu žive stvorenja poput Pokemona. Podijeljeni su u grupe koje obožavaju duhove prirode. Jednom su štovaoci duhova Vatre i Vode izveli ritual i pozvali ove božanske entitete na ovaj svet. Ali ispostavilo se da su bili vrlo zli duhovi i izmakli su kontroli. Sada je cijela planeta u haosu i prirodne katastrofe se neprestano događaju. Vi u igri Pokemon Emerald Version morat ćete se boriti s njima. Ispred sebe na ekranu vidjet ćete određeno područje u kojem će se nalaziti vaši likovi. Oni će napasti na primjer duh Vatre. Njihove akcije usmjeravat ćete pomoću namjenske kontrolne ploče. Uz njegovu pomoć prisilit ćete svog Pokémona da primjenjuje razne čarobne čarolije kojima će naštetiti protivniku.