U igri Poop Clicker 3, stići ćemo u laboratoriju mladog naučnika, koji danas želi da izvede niz eksperimenata na zanimljivoj supstanci. Za to je stavio gomilu u određeni kontejner, što ćemo videti u desnom uglu ekrana. Razne cevi i digitalni senzori će napustiti kontejner. Na vrhu su nekoliko vaga. Da bi se oni promenili u pravcu koji vam je potreban, moraćete da dovedete strelicu miša u gomilu i, što je pre moguće, stalno povećavajte tempo da započnete klik na njega. Ove akcije će vam donijeti poene.