Junak igre Counter-Strike: Reboot će uz vašu pomoć morati da učestvuje u dvanaest misija. Budući da je sadržaj strogo tajan, ciljevi će biti otkriveni dok završite prethodnu misiju. Prvi se zove Alpha i vaš zadatak je da odbijete napad terorista koji žele da zauzmu vašu bazu. U drugim misijama morat ćete obavljati druge zadatke, kao što su: oslobađanje talaca, uništavanje terorističkih baza, čišćenje mina i tako dalje. Sve misije su vremenski ograničene, morate brzo i efikasno rješavati probleme u Counter-Strike: Reboot.
