Istražujući još jedan slučaj, junak igre Mystery Subway Escape 2, detektiv Michael, pronašao je tajni ulaz u napuštene stanice podzemne željeznice. Malo ljudi zna za njih. Ne govorimo o tehničkim tunelima, već o stanicama koje su nekada bile u funkciji, ali su se iz ovog ili onog razloga ispostavile da su zatvorene i nepotražene. Ostala je neka oprema, stvari i predmeti koji nisu bačeni jer bi još mogli biti korisni. Tamo će naš junak tražiti dokaze, a potom i izlaz, jer je vrata na koja je ušao neko zaključao u Mystery Subway Escape 2. Očigledno su ga posmatrali i odlučili da se riješe pedantnoga detektiva.
