Ninja je dugo učio i konačno je došlo vrijeme da iskoristi svoje znanje i vještine u Dark Ninja Hanjo. Sensei je obavestio svog učenika da je spreman da započne samostalan život, ali je u isto vreme od bivšeg studenta zatraženo da izvrši veoma važnu misiju obnavljanja grada. Misija će pokazati koliko je heroj spreman. Grad je progutala tama, da biste ga oslobodili, morat ćete se boriti protiv demona ili opsjednutih ratnika. Ninja će moći pokazati za šta je sposoban. Primite instrukcije od učitelja u početnoj fazi, on će pratiti svog učenika, ali tada morate djelovati sami u Dark Ninja Hanjo.
