Mafija u Japanu se zove Yakuza i vrlo je ozbiljna kriminalna organizacija koja djeluje mimo zakona prema vlastitim pravilima. Ako joj nešto treba, ona to uzima, bez obzira na živote i potrebe onih koji im stoje na putu. Samurai vs Yakuza vas upoznaje sa samurajem koji želi spasiti svoje selo. Razbojnicima se svidjela zbog drevnog hrama koji se nalazi na njenoj teritoriji. U ovom hramu nalazi se nekoliko vrijednih figurica, koje je poglavar Yakuza želio posjedovati. Naš heroj stao je na put cijeloj mafijaškoj vojsci i uz vašu pomoć će odbiti napad pljačkaša u crnoj odjeći u Samurai vs Yakuza.
