Nakon niza neuspjeha na Skibidi Landu, toaleti su odlučili koristiti novu taktiku u igri Skibidi Strike. Kao rezultat toga, odlučili su da uđu u zločinačku zavjeru s teroristima i ujedine se s njima pod zajedničkim zastavama. Kriminalci su ih dočekali na pola puta, ne sluteći da će i sami postati ista toaletna čudovišta. Ipak, Skibidi se nalaze u jednoj od baza usred pustinje i sada ćete vi, kao dio grupe specijalnih snaga, otići tamo da ih eliminišete. Prije svega, morate odabrati municiju i oružje za svog heroja. Nakon toga, ići ćete na juriš na bazu. Morate se potajno kretati po teritoriji; za to možete koristiti razne zgrade, kutije i druge predmete. Čim se čudovišta pojave u vašem vidnom polju, naciljajte i otvorite vatru na njih. Za svakog neprijatelja kojeg ubijete dobit ćete određeni broj bodova, koje možete iskoristiti za nadopunu municije i poboljšanje vašeg oružja. Kriminalci također mogu ispustiti razne korisne bonuse i komplete prve pomoći koji će vam pomoći da obnovite zdravlje vašeg heroja. Čim očistite potpuno definiranu lokaciju, možete prijeći na sljedeći nivo igre Skibidi Strike.