Putujući galaksijom, istraživač po imenu Tom stalno se susreće s raznim drevnim artefaktima. Da bi vaš junak došao do njih, mora riješiti razne zagonetke. Vi u igri Puzzle Galaxies ćete mu pomoći u tome. Ispred vas na ekranu ćete vidjeti dizajn koji se sastoji od kocki. Svaki od njih će biti podijeljen iznutra na jednak broj kvadratnih zona. U svakoj zoni vidjet ćete loptu određene boje. Koristeći kontrolne tipke, rotirati ćete kocke oko svoje ose u prostoru. Vaš zadatak je postaviti ove stavke tako da sve kuglice budu raspoređene u određenom nizu. Čim to učinite, dobit ćete određeni broj bodova u igri Puzzle Galaxies i prijeći ćete na sljedeći nivo igre.