Dva trkača će ući na stazu u igri Magic Run 3D i vi ćete kontrolisati jednog od njih kako biste njemu pomogli da pobijedi, a vama da prođete nivo. Vaš heroj će sam proći prvi nivo, jer se morate udobno smjestiti i razumjeti kako se ponašati i šta koristiti. Kada se približavate sljedećoj prepreci, kliknite na heroja tako da se magično transformira i lako je prođe. U jednom slučaju će mu trebati snaga, au drugom spretnost. Za penjanje na visoke zidove ili trčanje naopačke. Nakon što prođete nivo obuke, bićete spremni za takmičenje i tada nemojte zevati u Magic Run 3D.