Biće po imenu Pixelmon živi u Minecraft svijetu. Naš junak je nekako otišao u najudaljenije regije zemlje da bi se ovde nastanio i sagradio mali grad. U tome ćete mu pomoći vi u igri Pixelmon Craft. Ispred sebe na ekranu vidjet ćete svog lika koji se nalazi na određenoj lokaciji. Sa bočne strane će biti vidljiva mala karta sa ikonama koje označavaju lokaciju različitih resursa. Vaš će junak morati posjetiti sva ova mjesta i dobiti ove resurse. Tada ćete pomoću posebne kontrolne ploče započeti izgradnju različitih zgrada za potrebe našeg heroja. Takođe možete stvoriti nove alate i oružje.
