U dalekoj budućnosti našeg svijeta, čovječanstvo je počelo ubrzano istraživati dubine Galaksije. Svemirski brodovi letjeli su na sve strane u potrazi za planetama pogodnim za život. Kada je takva planeta pronađena u orbiti, izgrađena je svemirska baza. Posetili su ga brodovi istraživača ili koristili kao mesto za inscenaciju. U igri Math Controller zapovijedaćete takvom bazom. Vaš zadatak je baviti se navigacijom. Vaša baza će biti vidljiva na ekranu ispred vas, vinuti se u svemir. Svemirski brodovi će letjeti prema njemu različitim brzinama. Vaš zadatak je da im postavite rutu. Imajte na umu da se ne smiju sudarati jedni s drugima. Kad svi brodovi pristanu na stanici, dobit ćete bodove i preći u sljedeći nivo igre.
