U savremenom svijetu postoji dosta smrtonosnih virusa koji uzrokuju smrt raznim živim bićima. Danas u Kill The Microbes morat ćete se boriti protiv nekih od njih. Prije nego što na ekranu vidite nekoliko mikroorganizama koji se nalaze na različitim mjestima na igralištu. Morat ćete odabrati jedan od njih i kliknuti na njega mišem. Na ovaj način ubrizgavate lijek i tjerate bakteriju da eksplodira. Njeni komadi koji padaju u druge mikroorganizme uništit će ih i za to ćete dobiti bodove.
