Daleko u svemiru, u orbiti jedne od planeta, bio je svemirski brod na kome je postojala laboratorija u kojoj su eksperimenti izvedeni na različitim životinjama. Injektirani su sa vanzemaljskom DNK i gledali kako su se menjali. Kao i kod baze, veza je nestala, a vojnici su tamo poslati iz Star Assault-a. Bićemo jedan od njih u igri Attack on the Mothership. Naš lik je naoružan standardnom municijom. Njegov zadatak je prodirati brodu i saznati šta se desilo tamo. Kao što se ispostavilo, čitava posada se pretvorila u čudovišta i sada moraš ući u bitku s njima. Koristeći svoje oružje, morate brzo i efikasno uništiti sve čudovišta na kojima ćete naići na palubu broda.
