Stanovnici malog japanskog sela stalno su ugnjetavani od strane lokalnog aristokrata. Samuraj koji je putovao kroz Japan odlučio je da im pomogne. Da bi to učinio, morat će se infiltrirati u posjed aristokrata i uništiti ga. Vi ćete u igri Mini Samurai Kurofune pomoći samuraju u ovoj avanturi. Vaš heroj će morati ući na imanje koje čuvaju nindža plaćenici. Oni će napasti vaš lik. Vi kontrolišete akcije heroja će se boriti protiv njih. Spretno mašući mačem i koristeći tehnike borbe prsa u prsa, morat ćete uništiti sve svoje protivnike. Za ovo ćete u igri Mini Samurai Kurofune dobiti bodove. Nakon smrti neprijatelja, skupljajte trofeje koji će ispasti iz njega.