Ninja kraljevstvo je ponovo nemirno - drevno zlo se probudilo u tamnicama i njegov uticaj se proširio na stanovnike kraljevstva. Usjevi se suše, ljudi i životinje obolijevaju, a to smanjuje riznicu. U igri Kingdom of Ninja 2, kralj nindže će ponovo otići u podzemne hramove da ih oslobodi od zlih stvorenja. Osim toga, svako pojavljivanje izvanzemaljskih stvorenja također je praćeno pomicanjem škrinja sa zlatom u lavirinte. Ovo je čudan fenomen, ali je uočeno da se čudovišta rastvaraju kada sva blaga nestanu. Ovo je veoma srećna koincidencija, jer će na taj način kralj moći da napuni riznicu i izdržava stanovnike svoje države. Ići ćete s njim u podzemlje i pomoći mu da prođe sve testove. Čeka ga mnogo zamki koje će se pojaviti iz polietilena i plafona. Neki će se kretati hodnicima i morat ćete spretno manevrirati kako biste izbjegli sudar s njima. Nakon što ste sreli čudovišta, ne pokušavajte ih uključiti u bitku, jer je vaš junak nenaoružan, bolje je da se neopaženo provučete pored njih ili jednostavno preskočite i nastavite svojim putem u igri Kingdom of Ninja 2. Sakupite svaki novčić i tada će tamnica ponovo biti sigurna.