U novoj uzbudljivoj igri Pokemon Mega otići ćete u svijet u kojem stvorenja poput Pokemona žive zajedno s ljudima. Neki od njih su prilično ljubazni i pomažu ljudima. Ali dio je i dalje agresivan i, naprotiv, napada ljude. Morate se boriti protiv ovog drugog. Lokacija na kojoj će se nalaziti vaš lik pojavit će se na ekranu ispred vas. Oko nje će biti razbacani razni predmeti. Prvo što trebate je prošetati okolicom i sakupiti ih. Nakon toga, krenite u potragu za zlim Pokemonima. Čim ga pronađete, započnite napad. Da biste to učinili, pošaljite svog Pokemona u bitku pomoću posebne kontrolne ploče. Počet će oštećivati neprijatelja. Morat ćete izliječiti svog borca na vrijeme kako ne bi umro. Uništivši neprijatelja, dobit ćete bodove i moći ćete pokupiti trofeje koji su mu pali.