Junak igre Final Ninja sebe smatra posljednjom nindžom svoje vrste. Neprijateljski klan uspio je istrijebiti sve rođake heroja, ali on ne odustaje. Čak i ako mora da umre, namerava da povede sve svoje neprijatelje sa sobom. U međuvremenu, morate pronaći jazbinu neprijatelja, a da biste to učinili, morat ćete savladati mnoge prepreke. Koristite strelice za kretanje i klikom na dugme miša izbacite shurikene. Ako držite pritisnut ključ dok bacate, možete se uhvatiti i povući se na više platforme na koje ne možete skočiti u Final Ninja.