Ninja svaki dan posvećuje nekoliko sati treningu, a to je neophodno kako ne bi izgubio oblik i ne izgubio lice u kritičnom trenutku. Junak igre Jungle Runner je vješt i iskusan ratnik, ali ga obuka više ne zadovoljava, prelako mu dolazi, što znači da se ne razvija. Stoga je junak odlučio otići u džunglu i napraviti okomito trčanje kroz drveće. Heroj će juriti prema gore neverovatnom brzinom, a vaš zadatak je da se pobrinete da se ne sudari ni sa čim i bilo kim. Ispostavilo se da naš nindža nije sam u džungli, osim toga, pčele mutante u Jungle Runneru će pokušati da ga zaustave.