Sonic ima priliku da se obračuna sa svojim starim neprijateljem Knucklesom. Plavi jež je dobio neočekivanu informaciju o lokaciji svog protivnika i namjerava tamo otići. Zajedno sa svojim prijateljem i pomoćnikom Tailsom, junaci će na ostrvo otići avionom. Nakon sletanja, sret će Knucklesa, ali on će brzo nestati. Morate pomoći Sonicu i njegovom prijatelju da potjeraju zlikovca. Postavio je mnogo zamki na ostrvo tako da ga niko ne može sustići, ali Sonic se ne može zaustaviti, a vi ćete strogo kontrolisati kretanje junaka, sprečavajući ga da naleti na oštre šiljke. Sakupljajte prstenove, oni će uvijek biti korisni heroju u Sonic 3 & Knucklesu.