U drugom dijelu igre Pandemic 2, nastavit ćete svoju misiju uništenja cijelog čovječanstva kao smrtonosne pandemije. Igra počinje odabirom vrste bolesti: virus, bakterija ili parazit. Zatim ćete odabrati početnu tačku za svoju infekciju. Odatle ćete morati širiti svoju bolest na ostatak svijeta. Širenjem širom svijeta možete poboljšati svoju bolest i učiniti je tako da ljudi ne pate od nje. Stalno modificirajte svoj virus tako da čovječanstvo ne može pronaći lijek za njega. Tako ćete postepeno uništiti cjelokupnu populaciju planete u igri Pandemic 2