Hrabri nindža Kyoto dobio je zadatak od šefa zapovijedi da prodre u čuvano imanje jednog aristokrata i odatle ukrade tajne dokumente. Vi u igri Endless Ninja pomoći ćete mu da ispuni ovu misiju. Vaš će se lik kretati cestom, postepeno dobivajući na brzini. Na svom putu naići će na razne vrste zamki. Vaš junak koji im se približava morat će napraviti skokove pod vašim vodstvom. Tako će leteti vazduhom kroz ove opasne delove puta. Ponekad ćete naići na razne vrste predmeta i kovanica razbacanih svuda. Morat ćete ih pokušati prikupiti sve.