Nekada paklene kapije već su uspele da se zaključaju, ali zli duhovi nisu ostavili nadu da ponovo oslobode svoj put i uspeli su nakon mnogo godina. Ovaj put su otvorili portal na Marsu u nadi da ga ljudi ne mogu odmah pronaći. Ali Mars je već bio kolonizovan, na njemu su se naselili brojni biološki laboratoriji, a masa naučnika je radila, svi su bili izloženi okrutnom napadu čudovišta. Vaš tim za uništavanje mora uništiti čudovišta u Doomu 3, i ne morate uzeti iskustvo Idite na crvenu planetu i budite oprezni, čudovišta su postala pametnija i jača.