Bear Banjo, zajedno sa svojom sestrom, živi u dubini šume. Kao što se jednog dana naš lik probudio i ustanovio da mu je nestala njegova mlađa sestra. Sada u igri Banjo-Kazooie, mi ćemo mu pomoći da je pronađe. Za pomoć, naš lik se okrenuo čarobnoj ptici Kazue. Nakon čarobnog rituala, uhvatila je trag i letela duž nje. Sada vodite junaka moraće da pobegne za njom, a da ne zaostane. Budite pažljivi na način na koji ćete imati zamke i vozite heroja će ih morati prisiliti da skočite nad njima. Ponekad se susrećete sa različitim agresivnim čudovištima i moraćete da ih uništite.