U dalekoj budućnosti na planeti Mars, zemaljski kolonisti su počeli da žive i izdvajaju različite minerale. Ali kako se ispostavilo, mi nismo sami u svemiru i planetu su napadali vanzemaljci. Vaš lik je bio u zoni slijetanja njihovih brodova, a sada u igri Mars Defense 2: Aliens Attack, mi ćemo se boriti protiv njih. Videćeš kako vanzemaljci izlaze sa brodova i odmah te napadnu. Moraćeš da nameriš pištolj na njih i pucaš na poraz. Tako ćete ih uništiti na daljinu. Ako ispustite predmete od čudovišta, morate ih sakupiti.