U drevnim vremenima u službi caraca Japana bio je red nindža. Ovi misteriozni ratovi su tada imali najbolje inteligentne vještine i svi su bili borački umjetnici. Danas, u igri Ninja Run, pomoći ćemo vam jedan takav rat da se infiltrira neprijateljska teritorija. Naš junak će trčati duž puta, koji je ispunjen raznim zamkama i drugim opasnostima. Većina njih može skočiti brzinom i trčati. Ako upoznate neprijateljske vojnike, pokušajte da ih uništite. Takođe na putu sakupljate razne predmete koji leže na tlu. Oni će vam dati bodove i druge lepe bonuse.